Trong kháng chiến chống Pháp đầu năm 1947, khu vực Thái miếu bị Việt Minh thiêu hủy hoàn toàn trong đợt tiêu thổ kháng chiến. Năm 1971-1972, Hội đồng trị sự Nguyễn Phúc tộc đã quyên góp và dựng lại một tòa nhà 5 gian trên nền cũ ngôi điện chính để làm nơi thờ tự các chúa Nguyễn. [1]

Hiện tại, công trình Thái miếu gần như đổ nát. Trung tâm Bảo tồn Di tích Cố đô Huế đã quyết định sẽ tu bổ, phục hồi các hạng mục: Thái Miếu, Thái Miếu môn, hệ thống sân, đường đi, cây xanh, thảm cỏ và hạ tầng kỹ thuật. Dự án dự kiến được thực hiện trong 4 năm với tổng kinh phí trên 265 tỷ đồng [3]